Với một số ngoại lệ, người Somali hầu như đều là các tín đồ Hồi giáo,[134] đa số thuộc giáo phái Sunni của Hồi giáo và trường phái Shafi`i của Luật học Hồi giáo, dù cũng có một số là các tín đồ của phái Hồi giáo Shia.[135] hiến pháp của Somalia định nghĩa Hồi giáo là tôn giáo của Cộng hoà Somalia, và luật Hồi giáo sharia là nguồn gốc cơ bản của nền pháp luật quốc gia.[136] Hồi giáo đã vào vùng này rất sớm, khi một nhóm tín đồ Hồi giáo bị ngược đãi, theo lời thúc giục của Nhà tiên tri Muhummad, tìm kiếm nơi tị nạn xuyên qua Biển Đỏ tại Vùng sừng châu Phi. Vì thế Hồi giáo có thể đã du nhập vào Somalia thậm chí từ lâu trước khi đức tin này bám rễ ở nơi xuất xứ của nó.[137] Ngoài ra, cộng đồng Somali đã tạo ra nhiều nhân vật Hồi giáo quan trọng qua các thế kỷ, nhiều người trong số họ đã góp phần quan trọng vào việc định hình, truyền bá và học tập tôn giáo này tại Vùng sừng châu Phi, Bán đảo Ả Rập, cũng như ở xa hơn nữa. Trong số những học giả Hồi giáo có nhà thần học thế kỷ XIV người Somali và nhà luật học Uthman bin Ali Zayla'i của Zeila, người đã viết văn bản có độ tin cậy cao nhất về trường phái Hồi giáo Hanafi, gồm bốn tập được gọi là Tabayin al-Haqa’iq li Sharh Kanz al-Daqa’iq.

Công giáo là một tôn giáo thiểu số tại Somalia, với không hơn 1,000 tín đồ trong dân số tám triệu người.[138] Có một giáo khu cho toàn bộ đất nước, Giáo khu Mogadishu, ước tính rằng chỉ có khoảng 100 người thực thi các nghi lễ Kitô giáo tại Somalia năm 2004.[139] Năm 1913, trong giai đoạn đầu thời kỳ thuộc địa, rõ ràng không có tín đồ Công giáo tại các lãnh thổ Somalia, với chỉ khoảng 100-200 tín đồ từ các trại trẻ mồ côi của một số hội truyền giáo tại vùng bảo hộ Somaliland Anh.[140] Cũng không có những hội truyền giáo Cơ đốc được biết tới ở Somaliland Italia trong cùng thời gian này.[141] Trong thập niên 1970, ở thời kỳ cầm quyền của chính phủ Mác xít khi đó tại Somalia, các trường học của nhà thờ đã bị đóng cửa và các nhà truyền giáo bị đuổi về nhà. Không có tổng giám mục tại nước này từ năm 1989, và thánh đường ở Mogadishu đã bị hư hại nặng nề sau cuộc nội chiến.

Một số cộng đồng sắc tộc thiểu số phi Somali cũng theo thuyết duy linh, như trường hợp người Bantu, thể hiện các truyền thống tôn giáo được thừa hưởng từ tổ tiên ở phía đông nam châu Phi.[142]